A finales del siglo XV, muchos de los perseguidos por la Inquisición en Castilla se refugiaron en Portugal. La comunidad judía o etiquetados como tal fue tan grande en el pueblo en el siglo XVI que las listas presentadas en los Autos de fe celebrados en Évora por la Inquisición, Campo Maior aparece entre las tierras del Alentejo con más acusados de judaísmo.

La guerra con Castilla en 1640 vay a producir los primeros cambios importantes con la necesidad de fortificar el pueblo.

En el siglo XVII una de cada cuatro personas que viven en el pueblo, una era militar y el pueblo se convierte en ese momento en el centro militar más importante de la región del Alentejo, después de Elvas.

Los primeros años del siglo XIX san en Campo Maior de gran agitación. Un asedio en 1801 por los españoles y una revolución local en 1808 contra los franceses que habían invadido Portugal.

El levantamiento Campomaiorense contra la ocupación napoleónica saldrá victorioso debido al apoyo del ejército de Badajoz qui se quedó en el pueblo durante unos tres años.

En 1811 llega una nueva invasión francesa que hizo un cerco cerrado durante un mes al pueblo, lo que obligó a capitular. Pero su resistencia fue tal que, dio tiempo a que llegaran los refuerzos luso-británicos bajo el mando de Beresford, que pone a los franceses en fuga.

Las luchas entre liberales y absolutistas en Campo Maior también son acontecimientos notables.

Y en 1865, el cólera mató, por cerca de dos meses y medio, un promedio de dos personas por día.